Sau khi tái hợp với Hội Phượng Hoàng, thầy Remus, thường xuyên rầu rĩ và lẻ loi, ban đầu cảm thấy thích thú, rồi ấn tượng, và sau đó đã thực sự phải lòng cô phù thủy trẻ học trò của “Mắt điên” – Nymphadora Tonks. Thầy chưa từng yêu ai trước đây. Nếu chuyện này xảy ra trong thời bình, Remus có lẽ đã đơn giản là bỏ đi nơi khác tìm công việc mới để thầy không phải chịu đựng nỗi đau phải nhìn cô Tonks cặp kè một chàng pháp sư trẻ đẹp nào đó ở văn phòng Thần sáng, điều mà thầy tin sẽ xảy ra. Tuy nhiên, lúc đấy là thời chiến, cả hai đều cần phải ở lại Hội Phượng Hoàng và không ai biết được ngày sau sẽ ra sao. Thầy Remus cảm thấy rất chính đáng khi ở đúng nơi thầy đang ở, giữ cảm xúc cho riêng mình nhưng lòng vẫn thầm hớn hở mỗi khi có ai ghép đôi thầy với cô Tonks trong một nhiệm vụ xuyên đêm.
Cả thầy Remus và cô Tonks đều chiến đấu với Chúa tể Voldemort và bọn T.ử thần Thực t.ử của hắn tại Sở Bảo mật, trận đấu đã công khai sự trở lại của Voldemort. Việc mất đi người bạn học cuối cùng trong trận đấu này càng góp phần cho cái tinh thần tự hủy hoại bản thân của thầy Remus. Cô Tonks chỉ có thể đứng nhìn trong tuyệt vọng khi thầy xung phong làm gián điệp cho Hội, rời đi để sống chung với những người sói khác nhằm cố gắng thuyết phục họ về phe cụ Dumbledore. Với việc này, thầy đang đối mặt với nguy cơ bị trả thù bởi tên người sói đã thay đổi cuộc đời thầy mãi mãi, Fenrir Greyback.
Thầy Remus đã mặt đối mặt với cả tên Greyback và cô Tonks tại Hogwarts chỉ một năm sau đó, khi Hội chạm trán với bọn Tử thần Thực tử trong lâu đài. Trong trận chiến này, Remus lại mất thêm một người mà thầy yêu thương: cụ Albus Dumbledore. Cụ Dumbledore được mọi thành viên Hội Phượng Hoàng yêu kính, nhưng với thầy Remus, cụ là đại diện của lòng từ bi, sự khoan dung và thấu hiểu mà thầy không nhận được từ bất cứ ai khác trên thế gian ngoài cha mẹ và ba người bạn thân của thầy, cũng là người duy nhất đã cho thầy một vị trí trong xã hội pháp thuật bình thường.
Sau trận chiến đẫm m.áu, trước lời tuyên bố của Fleur Delacour rằng sẽ mãi yêu Bill Weasley, người cũng đã bị Greyback cắn, cô Tonks can đảm tuyên bố công khai tình cảm cô dành cho thầy Remus, thầy cũng buộc phải thú nhận về tình yêu mãnh liệt dành cho cô. Dù lòng vẫn còn mang nặng nỗi nghi hoặc sâu trong tâm khảm, thầy Remus vẫn lặng lẽ kết hôn với cô Tonks tại miền bắc Scotland, với sự chứng kiến của những người trong quán rượu nhỏ ở địa phương. Thầy vẫn lo sợ rằng sự kỳ thị dành cho thầy sẽ ảnh hưởng đến vợ mình nên mong muốn không có bất cứ tiếng kèn trống nào vang lên chúc tụng họ. Thầy bị giằng xé liên tục giữa niềm vui sướng khi lấy được người trong mộng và nỗi kinh hoàng thầy có thể sẽ mang đến cho cả hai người họ.
Đã từng sống sót qua nhiều cú va chạm với bọn Tử thần Thực tử và chiến đấu rất điêu luyện và can đảm để thoát khỏi nhiều vòng vây siết chặt, thầy Remus Lupin đã gục ngã dưới bàn tay của Antonin Dolohov, một trong những tên Tử thần Thực tử phục vụ lâu dài, tận tụy và tàn bạo nhất. Thầy Remus đã không còn trong tình trạng chiến đấu tốt nhất khi lao đến trận chiến.
Nhiều tháng trời không hoạt động, chỉ dùng hầu hết những bùa che chắn và bảo vệ đã làm giảm năng lực đấu tay đôi của thầy, và khi thầy chạm trán một tên pháp sư đấu tay đôi điêu luyện như Dolohov, đã cứng cựa hơn sau nhiều tháng chém giết, phản ứng của thầy trở nên quá chậm.
Thầy Remus Lupin được truy tặng Huân chương Merlin đệ Nhất, là người sói đầu tiên được trao danh hiệu này. Tấm gương về cuộc sống và sự hy sinh của thầy đóng góp rất lớn trong việc dỡ bỏ sự kỳ thị dành cho người sói. Những ai đã biết đến thầy sẽ không bao giờ lãng quên thầy: một người đàn ông can đảm, tốt bụng đã làm tất cả những gì có thể làm khi gặp những tình huống khó khăn và đã giúp đỡ nhiều người hơn thầy có thể nhận ra.
